Джон Шеппард (англ. John Sheppard) — вымышленный персонаж в научно-фантастическом телесериале «Звёздные врата: Атлантида», которого играет Джо Фланиган.

Он — военный коммандир на Атлантиде, изначально представленный как майор военно-воздушных сил США, но позже повысивший своё звание до подполковника. В сериале впервые появляется в эпизоде «Пробуждение».

Джон Шеппард — опытный и талантливый пилот ВВС США, хотя его репутация была несколько испорчена после того как он отказался исполнять приказ командира в Афганистане, безуспешно пытаясь спасти жизни боевых товарищей. У него есть опыт лётчика на вертолётах AH-1 Cobra, AH-64 Apache, Bell OH-58 Kiowa и UH-60 Black Hawk, а также на конвертоплане V-22 Osprey. Он попросил быть переведённым на отдалённую станцию Мак Мёрдо. Когда он получил приказ перевезти генерала Джека О'Нилла на тайную исследовательскую базу на заставе Древних, он ненароком узнал что он не только имеет ген технологической активации Древних, но и от природы умеет им пользоваться для управлением технологий Древних. После некоторых раздумий, он соглашается стать членом экспедиции в Атлантиду, хотя его присутствие и не по душе полковнику Маршаллу Самнеру, считающему что солдат должен выполнять приказы при любых обстоятельствах.

Узнав что энергощит защищающий погружённый в океан город Атлантида находится на грани истощения, он присоединяется к команде которая направляется на планету Атос по приказу доктора Вейр. Шеппард понравился лидеру атозианцев Тейле больше чем Самнер, и она показала ему пещерные рисунки которые отображают историю о рейфах много поколений назад. Затем на поселение нападают Стрелы рейфов, и Тейла спасает его от телепортационного луча, но сама попадает в него.